磁力攪拌器控溫方式普遍有兩種，一種是用電接點水銀溫度計控溫，另一種是采用傳感器（電熱偶）控溫，在使用過程中電接點水銀和傳感器一端都是要放入到測量的液體中，另一端與機器連接，在控溫過程中，當液體溫度低于設定溫度，加熱盤開始加熱，當液體溫度達到所設定的溫度，這時由電接點水銀溫度計或傳感器傳輸信號到磁力攪拌器主機，此時加熱盤停止加熱，當溫度再次低于設定溫度時，加熱盤繼續加熱，這就是磁力攪拌器控溫的原理。
要注意兩點：第一，加熱盤有熱慣性，控溫電導率測定儀時有可能高于設定溫度，如果實驗要求比較高，此時要注意控制加熱盤的溫度（即加熱電壓）。
第二，采用電接點水銀溫度計控溫時是在電接點水銀溫度計上面設定溫度，采用傳感器控溫方法是在機器主機上設定溫度。由此看出，傳感器控溫更加方磁力攪拌器便。但是傳感器采用金屬材料，所以耐腐蝕程度沒有電接點水銀溫度計玻璃的好。