美國華瑞PGM-1600部分環保科研工作疲于應對當前的環境管理工作需求，缺乏對環境問題的適度超前預判研究，有時甚至處于被動應對局面。在環境基礎理論和基礎工作方面，對大氣復合污染、地下水污染、土壤重金屬污染、電子廢物污染、放射性廢物污染、環境污染健康影響，以及重大工程引發的環境問題等新型和復雜環境問題的成因、機理和機制研究不足，科技引領有待進一步加強。

二是環保科研整體統籌協調不足。

環保科研頂層設計不足，部分科研項目立項、實施和管理存在條塊分割、交叉重復現象，缺乏有效的溝通協調機制。英思科MX4一些研究項目在立項過程中對國家環保形勢、環保政策分析不夠，對國家環保科技需求定位不準，科技支撐能力有待進一步加強。

三是環保科技創新能力仍然薄弱。

環保系統科研隊伍規模小，環保科技領軍人才不足，地方環保科研能力十分薄弱。國家環境保護重點實驗室和工程技術中心布局尚不完善，建設與運行資金缺乏保障，環境保護科學觀測研究站建設剛剛起步。環保領域技術創新能力不足，環境管理需要的科技創新能力有待進一步加強。

四是環保科技體制機制亟待深化改革。

科技投入中競爭性投入比例過大，缺乏對公益性科研機構長期穩定支持，不利于科研工作的系統性和延續性開展。MX6環保科技創新成果轉化為實際應用不暢，對環境管理的支撐作用不明顯，對環保產業的帶動能力不強。人才培養和激勵機制有待進一步完善。國家環境保護重點實驗室和工程技術中心尚需建立有效的評估和退出機制。